1952年，由北京质系、清华大学地质系、天津大学地质工程系和唐山铁道学院地质系合并成立了北京地质学院，建院的同时成立了水文地质及工程地质系。1992年，为适应学科发展需要，改名为环境科学系。1998年，校内院系调整后，称为水资源与环境工程系。2002年，又更名为水资源与环境学院（简称水环学院）。      

    近几年，学院承担了一批国家重大攻关项目、自然科学基金项目和省部级重大项目，获得省部级二等以上奖3 项，在地下水科学研究领域中，特别是裂隙水渗流、地下水污染、地下水资源评价管理等方面处于国内领先地位，并广泛开展了与美国、加拿大、以色列、德国、荷兰、南菲等国家在科研和人才培养等方面的国际合作。