南京大学是全国最早开展环境科学研究和教学的单位之一。1978年教育部批准成立环境科学研究所，1984年成立环境科学系，1993年更名为环境科学与工程系，1999年成立环境学院，下设环境科学系和环境工程系。自1978年以来，环境学院已逐步形成了本科生、硕士生、博士生、博士后和继续教育完整的环境教育体系。1994年环境科学成为江苏省重点学科，1996年列入南京大学“211工程”学科群建设计划，2000年环境科学与工程学科获一级学科博士学位授予权。2001年环境科学成为国家重点学科，同年环境工程成为江苏省重点学科。
    以本学院为依托的“污染控制与资源化研究国家重点实验室”(与同济大学共建)，2000年通过国家科技部的评估。本学院是教育部环境科学教学指导委员会第一届主任单位、第二届和第三届副主任单位，是国务院学位委员会环境科学与工程学科评议组成员单位，是南京大学“教育部教育振兴行动计划(985工程，下同)重点发展新兴学科之一