中国科学院地理科学与资源研究所于1999年9月经中国科学院批准，由中国科学院地理研究所（前身是1940年成立的中国地理研究所）和自然资源综合考察委员会（1956年成立）整合而成，纳入中国科学院知识创新工程试点。

半个多世纪以来，中国科学院地理科学与资源研究所及其前身——中国科学院地理研究所与自然资源综合考察委员会，为中国地理科学与资源科学的发展做出了开拓性的贡献。在区域、国家和全球尺度上，围绕社会经济发展目标，在自然资源合理利用、生态环境保护、国土综合整治、区域可持续发展、资源与环境信息系统等重要领域，取得了一批国家级重大科研成果。在上述重大科学问题和国家需求方面做出了社会公认的、不可替代的贡献，研究成果代表了我国地理科学与资源科学发展的方向与水平。