玄武湖生态治理工程是在采取了截污、清淤、引水和内部环境治理的基础上，通过引种优质速生的水生植物重建和恢复湖泊的良性生态系统，达到抑制藻类生长、净化水质的目的。

　　具体步骤为：

　　首先在香料厂沟入湖口（即翠虹口）处的生态净化区，通过建立软隔墙和种植莲藕等水生植物来净化河沟的入湖污水和降水带进的地表径流。

玄武湖工程布设
 
　　然后在玄武湖北部湖区的沉水植物净化区，通过设置生物消浪带、软隔墙和移栽优质速生的水生植物（以沉水植物为主）等，恢复湖泊的良性生态系统，达到净化水质的目的。

　　工程效果：

　　生态治理区与外湖相比，总氮为外湖的63%，总磷为36%，藻类的总数和生物量为外湖的25%和56%，叶绿素含量为45%，透明度达80.1cm，比外湖高51.0cm，沉水植物多达11个科属的21个品种。

　　污水口生态治理模式框图如下：